La temporada 2012/2013 de la B Nacional fue mucho más discreta de lo esperando para Atlético. Armó un equipo para ilusionar a más de uno, pero su imagen se fue desdibujando con el correr de las fechas y cerró el torneo de la peor manera: con una derrota ante Douglas Haig. De esta manera, quedó en la mitad de la tabla, con 51 puntos.
Donde la camiseta "decana" si terminó en la cima es en la tabla de goleadores. Con 20 tantos, Luis Miguel Rodríguez se consagró como el máximo artillero de la temporada. La cifra se pondera mucho más si se tiene encuentra que Atlético anotó 42 goles a lo largo de las 38 fechas.
Detrás de Rodríguez, se ubicaron en el segundo escalón con 15 anotaciones Andrés Chávez (Banfield), Cristian Milla (Defensa y Justicia) y Facundo Pereyra (Gimnasia y Esgrima La Plata).