El 26 de julio de 1816, no hubo sesión, pública ni secreta, del Soberano Congreso. Entretanto, el Director Supremo, brigadier Juan Martín de Pueyrredón, iba acercándose a buenos Aires. Había acordado encontrarse con el general José de San Martín en Córdoba. La reunión entre el Director y el gobernador de Cuyo se efectuó entre el 15 y el 22 de julio.
En la síntesis de un historiador, allí se resolvió “que San Marín apoyaría al nuevo Supremo; ambos reorganizarían la Logia Lautaro como instrumento de gobierno, y Pueyrredón daría amplio apoyo a San Martín para equipar al Ejército de Los Andes”. Se trató también la invasión portuguesa a la Banda Oriental y la situación de Artigas, conjeturándose (por la correspondencia de San Martín) que Pueyrredón se comprometió a “solucionar el conflicto con los ‘Pueblos Libres’ y ayudar a Artigas en la resistencia a la invasión portuguesa”. San Martín escribió al diputado Tomás Godoy Cruz: “me he visto con el dignísimo Director que tan acertadamente han nombrado ustedes. Ya sabe usted que no soy aventurado en mis cálculos; pero desde ahora les anuncio que la unión será inalterable”. Aseguraba que “en dos días con sus noches hemos transado todo”, y “ya no nos resta más que empezar a obrar”.
Antes de alejarse de Córdoba (cosa que ocurrió el 24), ordenó Pueyrredón que el ejército porteño, que mandaba Eustoquio Díaz Vélez, suspendiera su marcha sobre Santa Fe y no hostilizara a los “Pueblos Libres” Pero “fue abiertamente desacatado por Díaz Vélez, quien ya había empezado el ataque a la ciudad: la tomaría el 4 de agosto, sin efusión de sangre, por el retiro del gobernador Vera”. Esto motivó que Artigas desconfiase en adelante de las buenas intenciones del Director Supremo.