En la sesión del 26 de abril de 1816, el Soberano Congreso tomó conocimiento de los serios sucesos ocurridos en el litoral, entre el 9 y el 16. Se trataba del pacto de Santo Tomé, suscrito entre el Ejército de Observación –sin autorización alguna- y el caudillo de Santa Fe, Estanislao López. El tratado estipulaba la evacuación de la fuerza del territorio santafesino; retirar a Manuel Belgrano y sustituirlo por Eustoquio Díaz Vélez en su comando, y destituir al Director Supremo interino, Ignacio Álvarez Thomas. Este ya había renunciado, y el Cabildo porteño designó en su reemplazo a Antonio González Balcarce. Todo esto había sucedido sin tomar para nada en cuenta al Congreso.
El presidente Pedro Medrano destacó la gravedad de los hechos y la urgencia de tomar medidas. Se decidió que el Congreso nombraría un nuevo Director Supremo, y se recomendó a los diputados aun no incorporados a “acelerar sus marchas”, para integrarse. También se acordó que el comisionado Miguel Calixto del Corro apresurase su partida a Santa Fe, ya que de ese viaje “dependía en gran parte el cese de tantas inquietudes”, dice “El Redactor”.
Al Ejército del Norte, cuyo jefe informaba “las necesidades y miseria” de sus tropas y la imposibilidad de obtener dinero por empréstitos para subvenirlas, se le contestó que era una preocupación que el Congreso estaba abocado a resolver. En otro pliego, el gobernador de Salta exponía “ciertas desavenencias” con el de Jujuy. Se le contestó que, previo a adoptar providencias sobre el asunto, era necesario que la autoridad del Congreso fuera reconocida en Salta y en Jujuy, y que se incorporasen los diputados que las representaban.