Con la extensión en el número de equipos participantes, el Super Rugby tendrá algunas variantes en el modo de disputa y por primera vez introducirá el concepto de conferencias, históricamente empleado en las competencias profesionales de los Estados Unidos.
La fase de grupos estará divida en cuatro conferencias (australiana, neozelandesa y dos sudafricanas) tendrá 17 fechas, en las que cada equipo jugará 15 partidos y tendrá dos jornadas libres.
La franquicia argentina Jaguares chocará con sus tres rivales de conferencia en partidos de ida y vuelta y a las vez jugará cuatro partidos contra los de la otra conferencia sudafricana. Además, enfrentará a los cinco integrantes de la neozelandesa.
El equipo ganador de cada una de las conferencias clasificará a los cuartos de final. Los otros cuatro, serán los restantes tres mejores equipos del Grupo de Australasia (conferencias australiana y neozelandesa) y el mejor segundo de las dos conferencias sudafricanas.
Grupo Australasia
Conferencia neozelandesa: Chiefs (Waikato), Highlanders (Otago), Hurricanes (Wellington), Blues (Auckland) y Crusaders (Canterbury).
Conferencia australiana: Waratahs (New South Wales), Reds (Queensland), Rebels (Melbourne), Brumbies (ACT) y Force (Perth).
Grupo Africa
Conferencia 1: Stormers, Cheetahs, Bulls (todos de Sudáfrica) y Sunwolves (Japón).
Conferencia 2: Sharks, Southern Kings, Lions (todos de Sudáfrica) y Jaguares (Argentina).
En cuanto a los puntajes se distribuirán de a siguiente manera:
4 puntos por triunfo.
2 puntos por empate.
0 puntos por derrota. 1 punto bonus por ganar por tres o más tries.
1 punto bonus por perder por siete o menos puntos de diferencia.