En la sesión del 28 de septiembre de 1816, el Soberano Congreso siguió tratando el reglamento sobre las atribuciones del Poder Ejecutivo, con motivo del traslado del cuerpo a Buenos Aires. Se terminó nombrando una comisión para revisar y corregir el reglamento.
A las seis de la tarde, se realizó una sesión secreta. Se trató allí un oficio del jefe del Ejército del Norte, Manuel Belgrano, quien revelaba informaciones recibidas sobre la situación en Córdoba. Allí, el ex gobernador José Javier Díaz se había batido con las fuerzas de Juan Pablo Bulnes, lo que había ocasionado “una convulsión en la ciudad”. Consideraba “gravísimo el asunto, por su consecuencia” y pedía que se le dieran las instrucciones al respecto.
A la hora de nombrar una comisión que elaborara esas instrucciones, se suscitó una larga discusión sobre si los diputados cordobeses debían o no participar en los debates respectivos. El diputado Tomás Manuel de Anchorena opinó que la diputación de Córdoba no debía intervenir, “en este asunto ni en otros que tengan relación con él”. Y mocionó que se formara causa sobre los antecedentes, que estaba recolectando, por orden del Congreso, el diputado Teodoro Sánchez de Bustamante, suspendiendo entretanto la asistencia de los diputados de Córdobas a las sesiones.
Todo esto trajo largos debates. Se acordó dar a Belgrano facultades para averiguar las características de la revuelta y, según sus resultados, proceder a sofocarla y a castigar a los delincuentes. Quedó acordado que a Belgrano “se le diesen todas las facultades, excepto la de dirigir el ejército contra los revolucionarios de Córdoba, sin aprobación del Congreso”.