Diferentes conflictos políticos y sociales dejaron cargos huérfanos en las gestiones del gobernador, José Alperovich. En 2005, el primer funcionario que abandonó el barco alperovichista fue Joaquín Ferre - se desempeñaba como secretario de Desarrollo Social-, cuando se encontraron, en una finca privada, 16 toneladas de polenta de planes sociales en mal estado. El mandatario suprimió la secretaría y desplazó a cinco funcionarios más.
A principios de 2006, la muerte de Paulina Lebbos dejaría un tendal de miembros del Ejecutivo en el camino. El primer ministro en renunciar al gabinete de Alperovich fue el de Seguridad Ciudadana, Pablo Baillo. También dimitieron el subsecretario de la Juventud, Alberto Lebbos (padre de Paulina); el secretario de Derechos Humanos, Bernardo Lobo Bougeau (en solidaridad con Lebbos) y el director de Transporte, Ramón Enrique Bulacio. Luego, en agosto de 2007, dos fotos que un lector envió a LA GACETA generaron el alejamiento de la presidenta del Ente Tucumán Turismo, Mercedes Paz. Las imágenes delataban el uso de vehículos de la repartición para trasladar productos del emprendimiento particular del esposo de Paz.
La crisis agraria de 2008 descabezó el área de Desarrollo Productivo de la provincia. Los funcionarios que también eran productores rurales no coincidieron con el apoyo que Alperovich dio al Gobierno nacional en el conflicto y dejaron sus puestos. Se trató del ministro José Manuel Paz y del secretario, José Ignacio Lobo Viaña. Como consecuencia del enfrentamiento, también renunciaron el presidente del Ente de Turismo, Roberto Martínez Zavalía (había reemplazado a Mercedes Paz) y el presidente de la Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres (EOAOC), José Manuel Avellaneda.
