La causa contra el ex juez Manlio Martínez es una derivación de la denominada “Romero Niklison” (2011), que condenó a los represores Luciano Benjamín Menéndez y Roberto “El Tuerto” Albornoz a prisión perpetua. En ese proceso oral, se habían abordado las ejecuciones de cinco militantes de Montoneros (Alejandra Niklison, Eduardo González Paz, Juan Carlos Meneses, Fernando Saavedra Lamas y Atilio Brandsen) el 20 de mayo de 1976. Ese día, policías y militares los asesinaron durante un allanamiento ilegal en una casa que pertenecía a Miguel Romano. El rol de Martínez tras ese violento episodio fue puesto en duda durante esa sentencia. Las imputaciones a Martínez están divididas en dos: las relacionadas con las cinco víctimas de la matanza y las derivadas de la posterior detención de Romano. Por un lado, está acusado como autor de abuso de autoridad y violación de los deberes de funcionario, denegación y retardo de justicia y como partícipe de los homicidios calificados. Por otro, también por abuso de autoridad y violación de sus deberes. A esto se suman el prevaricato y la privación ilegítima de la libertad por lo sucedido con Romano. Por ambos, en tanto, se lo sindica como presunto miembro de una asociación ilícita orientada a cometer delitos de lesa humanidad.
Martínez sostiene que era incompetente para actuar en el caso y que su accionar en relación a Romano fue respaldado luego por el tribunal de alzada.